Le microbiote – un organe sous-estimé

La naissance est une étape décisive avec la colonisation à partir des bactéries colonisant la filière génitale de la mère. (Photo: Pixabay.com)

Le microbiote désigne l’ensemble des espèces microbiennes ou micro-organismes d’origine externe présents dans un environnement donné, dans et sur notre organisme. Le microbiome fait quant à lui référence à l’ensemble des gènes présents dans le microbiote. La composition de ce dernier varie d’une personne à l’autre et influence la personnalité de son porteur. Qui plus est, il est indispensable à notre survie.

Notre organisme contient bien plus de micro-organismes que de cellules. Les gènes non humains sont ainsi très supérieurs en nombre. Les gènes codent entre autres pour la formation de protéines et d’enzymes qui, à leur tour, formeront certaines substances. Dès lors, environ un produit métabolique sur trois dans notre sang est d’origine non pas humaine, mais microbienne. Croire que ce n’est qu’un pur hasard semble encore plus insensé que de penser que notre microbiote – l’ensemble de nos micro-organismes – est un organisme autonome servant à conserver notre santé.

Au cours du développement fœtal, l’enfant n’est pas colonisé par les micro-organismes. La naissance est alors une étape décisive avec la colonisation à partir des bactéries colonisant la filière génitale de la mère. Pendant quelques semaines après la naissance, la flore buccale et intestinale du bébé montre des similitudes avec la flore vaginale de la mère. En cas de césarienne, la colonisation se fait principalement à partir de la flore cutanée. Cette différence pourrait ne pas seulement influencer l’état de santé dans la petite enfance, mais aussi à l’âge adulte. Plus tard, les enfants nés par césarienne sont à risque accru d’allergie, d’asthme et d’autres maladies auto-immunes. Ce n’est certes pas la preuve d’une relation causale avec le type de la première colonisation, mais cela ne l’exclut pas pour autant. Il est ainsi des endroits où les bébés nés par césarienne sont frottés avec un tampon auparavant placé dans le vagin de la mère pour mimer le processus naturel.

Une aura de bactéries

Avec le temps, la surface cutanée et les muqueuses sont intégralement colonisées par des micro-organismes, que nous partageons généreusement avec nos semblables et notre environnement. Sur notre peau, il y a ainsi un échange permanent entre les bactéries résidentes et les bactéries de l’environnement. Des millions de bactéries sont échangées par le toucher ou les baisers. Même passivement, une personne diffuserait un million de micro-organismes par heure dans son environnement par la respiration, la chute des squames (peaux mortes) et l’évaporation de la sueur. Il n’est par conséquent pas étonnant que ceux qui vivent en contact étroit soient porteurs d’un microbiote très proche. On peut aussi dire que le microbiote est hérité. Environ 40% des micro-organismes feraient pour ainsi dire partie d’un «équipement de base». Le reste est déterminé par l’alimentation, le mode de vie et les prédispositions, de sorte que chacun possède son propre microbiote. Cela pourrait aller jusqu’à jouer un rôle dans la médecine légale dans la mesure où, en l’absence d’empreintes digitales ou d’ADN, un coupable pourrait être confondu par ses bactéries...

  • Microbe: micro-organismes
  • Microbiote: ensemble de tous les micro-organismes du corps humain
  • Microbiome: ensemble de tous les gènes microbiens du corps humain
  • Flore: ensemble de tous les micro-organismes dans ou sur un organe spécifique, p.ex. la flore cutanée, la flore buccale, la flore vaginale et la flore intestinale.
  • Probiotique: bactéries ou champignons qui se multiplient dans les intestins et procurent un bénéfice pour la santé tels qu’entre autres les lactobacilles, les bifidobactéries, les entérocoques et les levures.
  • Prébiotique: nutriments non digestibles qui ne peuvent être métabolisés que par certaines bactéries bénéfiques pour la santé soutenant ainsi leur multiplication

Un rôle dans la digestion

Bien qu’elle soit récente, la recherche sur le microbiote a déjà livré moult nouvelles connaissances. Pour les scientifiques, le microbiote est une sorte de «super-organisme» qui agit en interdépendance avec de nombreuses fonctions. Son importance en termes de digestion est peut-être la plus évidente. Les micro-organismes peuvent assimiler des composantes alimentaires qui ne pourraient pas l’être autrement. Ils contribuent ainsi à la production d’énergie ainsi que de nutriments et de vitamines essentielles. La vitamine B12 ne peut p. ex. être produite en quantité suffisante que par une flore intestinale saine. Un taux de vitamine B12 suffisant dépend ainsi moins de l’alimentation que de la flore intestinale. La vitamine B12 est principalement utilisée pour la formation des globules rouges (érythrocytes) et pour une fonction optimale des cellules nerveuses. Les micro-organismes intestinaux permettent la digestion de glucides complexes, autrement non digérés, en sucres simples et en acides gras à courtes chaînes qui couvrent à eux seuls 5 à 10% du besoin énergétique chez l’homme (jusqu’à 70% chez la vache).

On estime que l’intestin d’un adulte héberge plus de 1000 sortes de bactéries. (Photo: Pixabay.com)

Une immunité renforcée

On estime que l’intestin d’un adulte héberge plus de 1000 sortes de bactéries. Plus la diversité est importante, mieux c’est. Pour simplifier, on distinguera entre «bons» et «mauvais» micro-organismes. Ces derniers comptent p. ex. les bactéries coliformes et les bactéries saprogènes (ou bactéries de la putréfaction). Tant que leur proportion reste inférieure à 15%, elles sont contenues par les bonnes bactéries. Les lactobacilles et les bifidobactéries sont des rivaux naturels des bactéries coliformes et maintiennent l’équilibre du milieu intestinal. Le film bactérien dense recouvrant la muqueuse intestinale la protège des infections par les bactéries pathogènes, les virus, les parasites et les mycoses. Il est intéressant de noter que les bactéries du microbiote ne sont pas combattues par le système immunitaire, mais qu’il les tolère. Il dépend en effet d’elles pour se défendre contre les germes pathogènes.

Mais il se passe encore davantage en coulisse: une des fonctions les plus importantes de la flore intestinale est l’entraînement du système immunitaire. Il y a en effet un échange constant entre la flore intestinale et les cellules du système immunitaire. Ces processus sont très complexes. Pour simplifier, on pourrait dire que la flore intestinale enseigne au système immunitaire un comportement approprié. Mais la frontière entre hypo- et hyperréaction est mince. Des perturbations de la flore intestinale peuvent entraîner des défauts de communication avec le système immunitaire et déclencher ainsi maladies auto-immunes et inflammations chroniques.

« Contrôle aux frontières »

La flore intestinale nourrit et entretient la muqueuse intestinale pour qu’elle puisse remplir ses fonctions. Outre l’absorption des nutriments, la muqueuse intestinale a principalement pour fonction de protéger l’organisme des facteurs environnementaux nuisibles parvenant dans les intestins par les aliments. Des connexions étroites entre les cellules de la muqueuse intestinale, les jonctions serrées ou «tight junctions», ont pour rôle d’étanchéifier l’espace intercellulaire afin de ne pas laisser passer n’importe quelle substance dans la circulation sanguine. Si cette structure est lésée, les intestins sont perméables aux substances toxiques et aux micro-organismes pathogènes (champignons, virus, bactéries) et nutriments incomplètement digérés. Cette situation peut à son tour déclencher des inflammations chroniques et des maladies auto-immunes. On nomme aussi cette pathologie syndrome des intestins perméables ou «leaky gut syndrome». On suspecte depuis un certain temps les pesticides de provoquer de telles lésions. Il existe en outre certaines bactéries dont les produits métaboliques contribuent à léser cette barrière. Les vibrions (bactéries) cholériques en sont un exemple extrême car entraînant des diarrhées extrêmes par destruction du mucus intestinal et formation de toxines entraînant un afflux de liquides et d’électrolytes dans l’intestin. Une flore intestinale intacte protège la fonction de barrière.

Une saine alimentation contribue à favoriser une flore intestinale intacte. (Photo: Pixabay.com)

Axe intestins-cerveau

Les micro-organismes intestinaux influencent même notre bien-être psychique en communiquant avec le cerveau par la circulation et le système nerveux. Selon sa composition, le microbiote peut fabriquer de nombreuses substances actives, dont des médiateurs tels le GABA, la dopamine, la sérotonine, la noradrénaline et l’acétylcholine, soit les mêmes neurotransmetteurs contrôlant nos émotions et nos actions au niveau cérébral.

Quelques relations ont déjà été étudiées en expérimentation animale. Les études ont été conduites soit avec des souris axéniques, élevées dès la naissance en milieu stérile et ne présentant pas de flore intestinale, soit avec des animaux dont la flore a subi une manipulation ciblée, p. ex. par des antibiotiques, qui peuvent léser sévèrement la flore intestinale. On parle aussi de dysbiose en cas d’altération de la flore intestinale. En cas de dysbiose, il y a une perturbation de l’équilibre entre les différents types de bactéries, qui nuit à la santé. Cela signifie la fabrication de moins de substances bénéfiques et plus de substances délétères. L’expérimentation animale a montré que des souris sans flore intestinale ou avec une flore intestinale perturbée ont un autre comportement. Elles ont des difficultés d’apprentissage, sont moins actives, plus craintives et dépressives, plus sujettes au stress ou ont des traits autistiques. Ces effets ont été partiellement réversibles par transfert de flore intestinale de souris en bonne santé. Bien que ces données ne puissent pas être extrapolées telles quelles à l’homme, elles suggèrent que les bactéries intestinales peuvent modifier les structures cérébrales et influencer les comportements. La dépression, les troubles anxieux et l’autisme pourraient ainsi être en partie liées à une perturbation de la flore intestinale. L’expérimentation animale laisse espérer qu’on pourrait apporter un certain soulagement dans ces maladies en restaurant la flore intestinale.

Surpoids et diabète

Le surpoids est déterminé par l’alimentation, le mode de vie, la génétique et, semble-t-il, aussi par les gènes du microbiome. La vitesse d’accumulation du tissu adipeux dépend aussi de la composition de notre flore intestinale. Les bactéries de souris minces ou obèse ont été transférées à des souris axéniques. On a alors observé qu’à alimentation équivalente, le poids des souris receveuses a évolué en fonction de celui de leur donneur. Cet effet s’explique probablement par la différence d’efficience de la digestion. La flore intestinale influence par ailleurs la sensation de satiété. Et cela va encore plus loin, car le risque de maladies telles que le diabète, la stéatose hépatique et l’athérosclérose peut être transmis d’un animal à l’autre par transfert de flore intestinale et à nouveau réduit par une flore intestinale appropriée. Chez l’homme, la flore intestinale varie aussi d’un individu à l’autre et est étroitement liée à nos fonctions organiques. Il est ainsi très probable que ces micro-organismes contribuent fortement à notre personnalité par leur nombre et leurs caractéristiques génétiques. Nous n’en sommes qu’au début, mais il s’agit sans doute d’une approche prometteuse pour améliorer notre santé et notre qualité de vie.

Texte : Dr. C. Schlatter, Tribune médicale public – 12/2017

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